国土交通大臣の許可が必要な場合には「無人航空機の飛行に関する許可・承認申請書」を提出する必要があり、事前に飛行計画や飛行ルートを決めておきます。
飛行計画では、飛行するルート、飛行方法、飛行高度など具体的なドローンの使用方法に加え、ドローンを安全に飛行させるための管理体制やドローン保険への加入有無などが問われます。ドローンの飛行に伴い、第三者の許可（土地使用の許可、空撮により住宅地や人が映る場合の許可など）が必要な場合は、事前に日程を含め確認しておきます。
国土交通大臣の許可が必要ではない場合であっても、難易度の高いドローン飛行や第三者の許可が必要な時は飛行計画を作成しておくと、飛行同日はドローン飛行に集中することができます。
飛行ルートの設定
飛行ルートの設定では、警視庁が定める「小型無人機等飛行禁止法」に明記された対象施設周辺地域を除き、改正航空法で定められた飛行の許可が必要な空港、人口密集地域は避けるように心がけます。
ドローンが墜落した時のことを考慮し、国土交通省の許可を取得している場合であっても、航空機の航行の安全に影響を及ぼすおそれのある空域や人又は家屋の密集している地域の上空の飛行は極力抑えるようにしたいです。
道路や鉄道などの交通機関、工場や建設現場などはドローンが墜落したときに大きな事故に繋がることから避けるようにします。高圧電線はドローンの電波を妨げ、山の周囲は強い気流が発生している可能性も高いことから、考慮した上でルートを決めます。
ノータムを参考にする
国土交通省航空局のAISセンターからノータム（notice to airmanの略：NOTAM）が発行されています。
ノータムでは航空機の航空路図や空港周辺の空域などが細かく明記されているため、空港近くでドローンを飛行させる場合に役立ちます。
ノータムにアクセスするためには、ユーザーアカウントを作成し、User IDとPasswordを設定しログインすることで見ることが可能になります。